Rezerwaty Najatrakcyjniejsze pod względem przyrodniczym i krajobrazowym fragmenty puszczy objęto ochroną w czterech rezerwatach: rezerwat wodno-leśny Mazury o powierzchni 292,7 ha – położony między jeziorami Szwałk Wielki, Piłwąg i Łaźno, obejmuje także trzy zalesione wysepki na jeziorze Piłwąg oraz pas lasu przylegający do jeziora od północy i wschodnią część tego jeziora o powierzchni 80 ha; jest ostoją ptactwa wodnego; rezerwat leśny Borki o powierzchni 440 ha (powiększony w 2015 r.). Zawiera wielopiętrowe drzewostany z obecnością świerku, graba, dębu, jesionu, lip liczących 100-150 lat; na terenie rezerwatu występuje ok. 320 gatunków roślin, w tym 15 gatunków drzew i 19 gatunków krzewów; rezerwat Lipowy Jar w rejonie jez. Piłwąg o powierzchni 48,5 ha; utworzony w centralnej części Puszczy Boreckiej w celu zachowania wielogatunkowego, dorodnego lasu liściastego, porastającego wzgórza o stromych zboczach, unoszących się nad głęboką doliną; rezerwat leśny Wyspa lipowa na jeziorze Szwałk Wielki o powierzchni 2,7 ha;