Zespół Pro Musica Antiqua w roku 2006 został wyróżniony nagrodą Ministra Kultury m.in. „za zaangażowanie w życie kulturalne i promocję regionu warmińsko-mazurskiego”. W tym samym roku prof. L. Szarzyński został nagrodzony przez prezydenta miasta Olsztyna za promocję grodu nad Łyną.
Od 1993 roku pełnił funkcję dyrektora artystycznego Letnich Koncertów, a od roku 1995 także Giżyckich Koncertów Organowych i Kameralnych. Od 1996 r. jest współorganizatorem cyklicznych spotkań „Cavata na olsztyńskim zamku”.
W latach 2000–2002 pełnił w Ełku funkcje dyrektora generalnego Akademii Fletowej, a od roku 2001 piastował stanowisko dyrektora artystycznego Mazurskiego Festiwalu Sztuk, Kultur i Narodów oraz pełnomocnika miasta ds. kultury i edukacji. W latach 2003–2004 był doradcą do spraw kultury wojewody warmińsko-mazurskiego.
Od roku 1999 jest zatrudniony w UWM w Olsztynie na stanowisku profesora w Katedrze Muzyki. W roku akademickim 2004-2005 zorganizował cykl spotkań w Ornecie pod hasłem „Z uniwersytetem na Ty”, współpracując ze wszystkimi wydziałami uniwersytetu.