Stwierdzili także, że jest zdrowy na umyśle i może stanąć przed sądem.
7 listopada 1968 sąd uznał Gacy’ego za winnego pederastrii w przypadku Voorheesa i niewinnego w przypadku trzech innych nieletnich. Gacy zeznał, że Voorhees zaproponował mu seks, a on – kierowany ciekawością – skorzystał z okazji, jednak sąd i przysięgli nie dali wiary jego wersji. 3 grudnia skazano go na dziesięć lat więzienia w placówce . Tego samego dnia Myers wniosła o rozwód, domagając się przyznania jej domu i całego majątku pary, wyłącznej opieki nad dziećmi i alimentów. Sąd przychylił się do jej wniosku, a rozwód orzeczono 18 września 1969; Gacy nigdy więcej nie widział już Myers ani dzieci.
Podczas pobytu w zakładzie karnym Gacy’ego szybko uznano za wzorowego więźnia. Kilka miesięcy po uwięzieniu mianowano go głównym kucharzem. Dołączył także do więziennego oddziału jaycees, w ciągu półtora roku zwiększając liczbę członków tej struktury z pięćdziesięciu do sześciuset pięćdziesięciu. Doprowadził do wzrostu dniówki więźniów pracujących w kantynie i nadzorował kilka projektów mających na celu poprawienie warunków bytowych osadzonych w placówce, w tym m.in. montaż toru do minigolfa. W lutym 1970 więzienny oddział USJC wyróżnił go nagrodą za wzorową służbę. W czerwcu 1969 odrzucono wniosek Gacy’ego o zwolnienie warunkowe.