Fàbregas zdawał sobie sprawę z tego, że po odejściu Henry’ego to na jego barkach spoczywać będzie gra drużyny i zapewnił kibiców, że jest gotów podjąć wyzwanie zastąpienia Francuza w roli lidera zespołu. Hiszpan udanie rozpoczął sezon, regularnie zdobywając gole i asystując przy bramkach kolegów z zespołu. W uznaniu za dobrą grę kibice Arsenalu czterokrotnie uznawali go za piłkarza miesiąca w klubie, został wybrany również Piłkarzem Miesiąca w Premiership za wrzesień. Do marca Arsenal był liderem w ligowej tabeli, dobrze radził sobie także w Lidze Mistrzów. W rewanżowym meczu z A.C. Milan Fàbregas zdobył bramkę dającą angielskiej drużynie awans do ćwierćfinału rozgrywek. 11 kwietnia 2008 roku Hiszpan ponownie został nominowany do nagród Piłkarza i Młodego Piłkarza Roku w Anglii. Został laureatem tej drugiej, a ponadto wybrano go do Drużyny Roku w Anglii. Arsenal nie zdołał zdobyć mistrzostwa, ani żadnego z krajowych pucharów, co oznaczało kolejny sezon bez zdobytego trofeum. 19 października 2008 znalazł się na 30-osobowej liście kandydatów do Złotej Piłki, jednak nagrodę tę otrzymał ostatecznie Cristiano Ronaldo, a Fàbregas z czterema zdobytymi punktami zajął 19. pozycję.