29 października został także nominowany do nagrody Piłkarza Roku według FIFA.
Kapitan thumb|Fàbregas jako kapitan przed półfinałowym meczem Ligi Mistrzów w sezonie 2008/2009 24 listopada przejął po Williamie Gallasie opaskę kapitańską. W grudniowym spotkaniu z Liverpoolem w starciu z Xabim Alonso doznał kontuzji więzadeł krzyżowych w prawym kolanie. Hiszpan powrócił do gry w kwietniu 2009 w meczu ligowym z Manchesterem City. Sezon 2008/09 Arsenal zakończył bez żadnego triumfu, odpadając w półfinale Ligi Mistrzów oraz zajmując w lidze czwarte miejsce.
W pierwszym meczu Arsenalu w kolejnym sezonie, wygranym 6:1 z Evertonem, Fàbregas dwukrotnie wpisał się na listę strzelców.
FC Barcelona 15 sierpnia 2011 podpisał pięcioletni kontrakt z FC Barceloną. Suma odstępnego zawarta w umowie wynosiła 200 mln euro.
6 kwietnia 2013 w meczu z RCD Mallorca strzelił hat tricka, a Barcelona wygrała 5:0. Cesc był zawodnikiem Barçy do końca sezonu 2013/14.