W następnym sezonie otrzymał koszulkę z numerem 5, którą nosił wcześniej Martin Keown. W sierpniu 2006 roku podpisał nowy, czteroletni kontrakt z Arsenalem, według którego zarabiał około 70 tysięcy funtów tygodniowo, po czym powiedział:
Touré zajął także w plebiscycie na najlepszego piłkarza Arsenalu trzecie miejsce zaraz po Gilberto Silvie i Cescu Fàbregas. Rozgrywki w sezonie 2006/2007 zakończył z trzydziestoma ligowymi występami, jednym pucharowym oraz dziesięcioma w europejskich pucharach.
W następnym sezonie został wicekapitanem drużyny, którym wcześniej był Gilberto Silva. Pierwszy raz kapitanem Arsenalu był w wygranym 6:3 spotkaniu Carling Cup z Liverpoolem. Kapitanem był również podczas półfinałowego meczu z Tottenhamem Hotspur. Arsenal doszedł również do finału tych rozgrywek, w którym przegrał 2:1 z Chelsea. W doliczonym czasie gry Touré otrzymał czerwoną kartkę. Kolo tworzył duet środkowych obrońców wraz z Willamem Gallasem. 20 października 2007 roku w meczu z Boltonem Wanderers zdobył bramkę z rzutu wolnego. Sezon ten zakończył z trzydziestoma ligowymi występami, dwoma pucharowymi oraz dziewięcioma w europejskich pucharach. Arsenal rozgrywki Premier League zakończył na trzecim miejscu. 10 stycznia 2009 roku został mianowany na tymczasowego kapitana zespołu.