Sezon 2008/2009 zakończył z 29 ligowymi występami.
Manchester City thumb|200px|Touré w barwach Manchesteru City 29 lipca 2009 roku podpisał czteroletni kontrakt z Manchesterem City opiewający na 16 milionów funtów. Trener Mark Hughes ustanowił go kapitanem. W nowym klubie zadebiutował 15 sierpnia w meczu ligowym z Blackburn Rovers. 7 listopada w spotkaniu z Burnley (3:3) zdobył pierwszą ligowa bramkę dla Manchesteru City. W jego pierwszym sezonie w klubie zajął piąte miejsce, tracąc tylko trzy punkty za Tottenhamem Hotspur. 2 lipca 2010 roku do City dołączył jego brat Yaya, za którego klub zapłacił około 24 miliony funtów.
Na początku sezonu 2010/11 trener Roberto Mancini zabrał mu opaskę kapitańską i dał ją Carlosowi Tevezowi. Jednak pozostawał w planach trenera, który regularnie stawiał na niego w linii defensywy. 20 grudnia 2010 roku został wyrzucony z boiska w przegranym meczu z Evertonem. 3 marca 2011 roku ujawniono, że w organizmie Toure wykryto niedozwolone środki dopingowe i został zawieszony. Światowa Agencja Antydopingowa zawiesiła go na sześć miesięcy. W sezonie 2011/12 zagrał 14 spotkań w barwach Citizens i zdobył pierwsze od 44 lat mistrzostwo Anglii dla klubu.