W czasie II wojny światowej członek konspiracyjnego Stronnictwa Narodowego.
II wojna światowa 20 września 1939 został powołany przez generała Juliusza Rómmla na członka Komitetu Obywatelskiego przy dowódcy Armii „Warszawa”. Był jednym z 12 zakładników wskazanych Niemcom zgodnie z aktem kapitulacji miasta z 28 września „celem zabezpieczenia przed aktami sabotażu”.
W nocy 17/18 maja 1941 został aresztowany razem ze Stanisławem Sedlaczkiem i kilkunastoma innymi pracownikami Stołecznego Komitetu Samopomocy Społecznej. Trafił na Pawiak. 23 lipca 1941 roku został wywieziony do niemieckiego obozu koncentracyjnego Auschwitz. W transporcie liczącym 350 innych więźniów znajdowało się również wielu wybitnych Polaków jak były wiceminister skarbu Roman Rybarski, 11-krotny mistrz Polski w biegach długodystansowych Józef Noji, polityk PPS Adam Kuryłowicz, publicysta Piotr Kownacki. Witold Staniszkis został zamordowany w obozie przez niemieckich nazistów w 1941 roku.
Symboliczny grób znajduje się na cmentarzu Powązkowskim w Warszawie (kwatera 213-2-27,28).