Cobain wyjaśnił niechęć do wykonywania utworu na żywo: Ciągle lubię ‘Teen Spirit’, ale teraz prawie wstydzę się go grać (...) Wszyscy są tak bardzo skupieni na tym kawałku.
Utwór cieszył się uznaniem krytyków jeszcze długo po swojej premierze. W 2000 MTV i Rolling Stone umieściły „Smells Like Teen Spirit” na trzecim miejscu swojej wspólnej listy 100 najpopularniejszych utworów, tuż za „Yesterday” Beatlesów i „(I Can’t Get No) Satisfaction” Rolling Stonesów. Projekt „Songs of the Century” organizacji Recording Industry Association of America z 2001 przyznał utworowi miejsce 80. Magazyn NME nagrodził przebój Nirvany drugim miejscem na liście „100 najlepszych singli wszech czasów”, zaś w 2003 VH1 umieścił „Smells Like Teen Spirit” na szczycie swojej listy „100 największych hitów ostatnich 25 lat”. W tym samym roku utwór zajął trzecią pozycję w plebiscycie zorganizowanym przez magazyn Q. Na liście 500 utworów wszech czasów magazynu Rolling Stone z 2004 utwór uplasował się na miejscu dziewiątym, opisany jako fala uderzeniowa, która zmiotła ociągający się jive lat 80. z mapy muzyki popularnej.