Po wielu bitwach przeciwko siłom Xoxxa gracz ratuje profesora. Krótko po tym wydarzeniu zlokalizowane zostaje działo kwantowe, Lord Chaos Mk 1. Jednakże gdy gracz jest bliski pokonania w pojedynku Xoxxa, ten ucieka w wehikule czasu, zostawiając wiadomość, że jest już za późno, aby zatrzymać proces wystrzału działa. Wszechświat zostaje zniszczony, zostawiając statek bohatera lecący pośród szczątków skamieniałości podczas przewijania napisów końcowych. Ostatecznie jednak pojawia się uskok w czasoprzestrzeni (który już wcześniej odegrał znaczącą rolę w fabule), sprowadzając gracza na początek całej historii, jednak na wyższym poziomie trudności.
Rozgrywka Ulepszenia Pomiędzy etapami gracz ma możliwość kupowania ulepszeń dla swojego statku. Część podstawowych ulepszeń dotyczy sterowności, szybkości oraz chłodzenia. Ciekawym gadżetem jest Atarix, który daje graczowi możliwość odblokowania zamków w ładunkach przechwyconych z transporterów w trakcie misji. Inne ulepszenia zwiększają poziom obrony czy regenerację ochronki. Kolejne pozwalają graczowi na zdobywanie nagród pieniężnych za masowe zabijanie oddziałów piechoty.