Dąmbska, w porozumieniu z prof. Kazimierzem Ajdukiewiczem, organizatorem studiów filozoficznych w podziemnym Uniwersytecie Jana Kazimierza, prowadziła również od 1940 roku wykłady z „Głównych pojęć i zagadnień nauk filozoficznych” oraz z „Zarysu historii filozofii greckiej”. Mimo całego dramatyzmu lat okupacji Dąmbska, podobnie jak wielu innych polskich filozofów, nie zaniedbywała w tym okresie pracy naukowej. Szczególnie bliskie stosunki naukowe i przyjacielskie łączyły ją nadal z Władysławem Witwickim, który korzystał z jej pomocy przy pisaniu pracy o Platonie-pedagogu. Dąmbska, która jeszcze przed wojną pod wpływem Witwickiego zainteresowała się bliżej Platonem, przygotowała obszerną bibliografię i zebrała wiadomości o Platonie w Polsce, na podstawie których powstała później jej praca poświęcona recepcji pism Platona w Polsce. U schyłku mrocznych lat okupacji (1944–1945) powstało jej obszerne studium Stosunek człowieka do śmierci i jego rola w kształtowaniu się kultury, w którym śledziła zmagania się ducha ludzkiego – jednostek i grup ludzkich – z lękiem przed śmiercią.