W 1945 roku, zagrożona aresztowaniem przez NKWD, wyjechała z rodzinnego miasta (tęsknota za nim towarzyszyć jej będzie później przez całe życie) i osiadła w Gdańsku, gdzie podjęła pracę jako kustosz w Bibliotece Miejskiej, przemianowanej później na Bibliotekę PAN. W 1946 roku habilitowała się na Wydziale Humanistycznym Uniwersytetu Warszawskiego na podstawie rozprawy Irracjonalizm a poznanie naukowe, opublikowanej jeszcze w 1937 roku w „Kwartalniku Filozoficznym”. W latach 1946–1949, nadal pracowała w Bibliotece w Gdańsku i prowadziła wykłady zlecone na Wydziale Humanistycznym UW. W 1949 roku przeniosła swoją venia legendi na Uniwersytet w Poznaniu i tam prowadziła wykłady i ćwiczenia z filozofii. W rok później, w związku z likwidacją studiów filozoficznych, jej zajęcia zostały zawieszone, a ona sama podzieliła los wielu polskich uczonych z okresu międzywojennego. Została odsunięta zarówno od nauczania uniwersyteckiego, jak i od możliwości publikowania swoich prac. Te dotkliwe restrykcje dotknęły m.in. większość uczniów Twardowskiego zajmujących stanowiska uniwersyteckie po wojnie. Ich poglądy filozoficzne stały się przedmiotem napaści ideologicznych, których zadaniem było zburzenie „legendy” szkoły lwowsko-warszawskiej oraz ujawnienie „idealistycznego i burżuazyjnego” charakteru jej filozofii.