60% obszaru puszczy; Czarna Hańcza z dopływami: Marychą i Wołkuszanką).
Na terenie puszczy znajdują się liczne jeziora: Wigry, Sajno, Białe Augustowskie, Necko, Studzieniczne, Serwy, Blizno, Pomorze i inne.
Flora i lasy Flora Ze względu na surowy klimat w puszczy zachowały się gatunki roślin będące reliktami północnymi: brzoza niska, cis, borówka bagienna, zimoziół północny i rosiczki.
W Puszczy Augustowskiej występują rzadkie i zagrożone wyginięciem gatunku wpisane do Polskiej czerwonej księgi roślin: podejźrzon wirginijski, turzyca delikatna, turzyca kulista, kukuczka kapturkowata, aldrowanda pęcherzykowata.
Lasy 85% obszaru puszczy pokrywają bory z dużą przewagą sosny (ponad 70%, z cenną odmianą sosna augustowska) i mniejszym udziałem świerka (17%). Wiele jest drzewostanów starych, liczących ponad 120 lat. Nie są rzadkością drzewa o wysokości 30–40 m. Na niektórych obszarach rosną dobrze zachowane bory wilgotne i bagienne, wiele jest torfowisk. Występują też olsy (8,5% powierzchni, głównie w południowej części), a miejscami także grądy.