Staraniem biskupa Antoniego Gołaszewskiego po skompletowaniu kadry profesorskiej, 4 listopada 1819 roku otwarto w Przemyślu 2-letnie Studium Filozoficzne, a 25 listopada 1819 roku reaktywowano Seminarium Duchowne z równoczesnym otwarciem 4-letniego Studium Teologicznego. Dekretem cesarza Franciszka Józefa I z 25 kwietnia 1850 roku uchylono ustawy Józefińskie, a po konkordacie austriackim z 1855 roku seminaria duchowne i instytuty teologiczne zostały całkowicie podporządkowane władzy biskupów. W 1856 roku konferencji episkopatu austriackiego ustalono szczegółowy program studiów teologicznych.
W 1843 roku przystąpiono do remontu i przebudowy budynku seminaryjnego oraz dalszej rozbudowy, którą ukończono w 1846 roku. W latach 1897–1899 z pomocą funduszu religijnego z Ministerstwa Kultury dobudowano trzy skrzydła budynku seminaryjnego. W latach 1909–1911 dokonano kolejnej rozbudowy z dotacji Ministerstwa Skarbu.