W dniu kapitulacji Powiśla, gdy powstańcy odeszli do Śródmieścia, w szpitalu mieszczącym się w piwnicach gmachu u zbiegu ulic Tamka i Smulikowskiego, pozostali najciężej ranni, których nie można było ewakuować. Ojciec Michał postanowił pozostać z tymi chorymi, aby nie zostawić ich na pastwę Niemców. Pomimo zachęt i namów do ewakuacji z cywilami, pozostał nieugięty w swym postanowieniu. Niemcy po wtargnięciu do szpitala nazwali go „największym bandytą” i zażądali, aby zdjął habit. Gdy odmówił, został zastrzelony, a jego ciało spalono na pobliskiej barykadzie. W tej egzekucji zginęło wraz z nim kilkadziesiąt osób. Podczas powojennej ekshumacji jego ciała nie zidentyfikowanoAleksander Kopiński. j.w., s. 178-179..
Beatyfikacja Wielu przyjaciół i znajomych z jego otoczenia czy z kręgu rodziny, od samego początku uważało, że zginął śmiercią męczeńską i osiągnął chwałę nieba. Wyrażali to w kondolencjach kierowanych na ręce ojca WitoldaWszystkie listy kondolencyjne znajdują się w APPD, D[okumenty]B[eatyfikacyjne]Cz[artoryski]M[ichał], teczka 25: Listy kondolencyjne po śmierci O. Michała Czartoryskiego nadesłane jego ojcu Witoldowi Czartoryskiemu.. Przygotowania do beatyfikacji kandydatów, którzy ponieśli śmierć w czasie II wojny światowej i cieszą się sławą męczeństwa, trwały od 1988.