Uroczysta publiczna sesja rozpoczynająca proces o życiu i męczeństwie kandydatów do chwały ołtarzy odbyła się w katedrze włocławskiej 26 stycznia 1992. Prace procesowe w Polsce przebiegły bardzo szybko i zostały zamknięte po dwóch latach. W marcu 1994 akta procesu zostały przewiezione do Kongregacji Spraw Kanonizacyjnych w Rzymie. Dekret o męczeństwie 108 męczenników II wojny światowej został promulgowany 26 marca 1999. Ze strony zakonu dominikańskiego wicepostulatorem przy procesie o. Michała Czartoryskiego był o. Bruno Mazur OP.
Beatyfikacji dokonał Jan Paweł II podczas uroczystej Mszy św. 13 czerwca 1999 w Warszawie na pl. Józefa Piłsudskiego. Wspomnienie liturgiczne indywidualne przypada w dniu 6 września, 12 czerwca jako jednego ze 108 Męczenników z okresu II wojny światowej.
Duchowość Podstawy życia duchowego Jan otrzymał w domu rodzinnym, naznaczonym autentyzmem wiary i religijności. Polegał on na zharmonizowaniu uznanych prawd wiary oraz nakazów kościelnych w życiu codziennym wszystkich członków rodziny. Odznaczał się pobożnością, ale nie dewocją.