Rodzice, sami zaangażowani w życie Kościoła, przekazali Janowi przekonanie, że wiarę należy głosić i przekazywać także w wymiarze społecznym i wspólnotowym. Dlatego zaangażował się w ruch „Odrodzenie”, w którym odgrywał czołową rolę, a mając znakomite zrozumienie i wyczucie Kościoła i jego misji, chronił ten ruch przed podporządkowaniem go polityce. Swoje powołanie i misję duszpasterską widział nie w pisarstwie czy pracy naukowej, a w praktycznej działalności jako duszpasterz braci i świeckich.
Najważniejszym źródłem charakterystyki jego duchowości są „Sprawy duchowe”, czyli dziennik życia duchowego z lat 1926-1944. Ukazują one bł. Michała jako człowieka bardzo subtelnego duchowo, głęboko pragnącego doskonalenia się „w duchu i w prawdzie”. Pod tym względem stawiał sobie wysokie, a właściwie coraz wyższe wymagania. Nigdy nie poprzestawał na tym, co osiągnął w życiu duchowym. Być może dlatego ciągle boleśnie odczuwał swoją niedoskonałość, słabość, że nie może tak, jak chciał, sprostać Bożej łasce, wymaganiom Ewangelii. Z tego samego powodu nieraz zarzucał sobie nieudolność. Mimo to nieustanne pragnął świętości, podobania się Bogu. Służbie Bogu chciał oddać się całkowicie i w tym celu podejmował, ciągle na nowo, przeróżne wysiłki. Odczuwał potrzebę współpracy z łaską Bożą.