W 1780 roku, Weishaupt spotkał masona barona Knigge, współpracując z którym rozwinął swoje stowarzyszenie. Według Mouniera, Knigge był osobą o wątpliwej reputacji, która sprawiła, że ideały oświeceniowe Illuminati zeszły na drugi plan, a ceremonie inicjacyjne i hierarchia instytucjonalna zaczęły być coraz istotniejsze. Knigge opuścił Iluminatów w 1783 roku, w atmosferze kłótni (prawdopodobnie wiedział także, że wkrótce Karol IV Teodor Wittelsbach zakaże wszelkich tajnych stowarzyszeń w Bawarii).
Od roku 1784 Weishaupt musiał się ukrywać w wyniku zakazów wprowadzonych przez Karola IV Wittelsbacha, stracił pracę na uniwersytecie (1785) i znalazł schronienie w mieście Gotha, gdzie mieszkał do końca życia, i gdzie napisał większość swoich dzieł. Pozostawił po sobie żonę Annę Marię (ur. Sausenhofer) i dzieci (Nanette, Charlotte, Ernst, Karl, Eduard i Alfred)Leopold Engel, Geschichte des Illuminaten-ordens, Berlin: H. Bermühler Verlag, 1906..