Jednak pod presją środowiska międzynarodowego premierzy obu krajów Atal Bihari Vajpayee i Nawaz Sharif podpisali 21 lutego 1999 w Lahaur deklarację o nieprzeprowadzaniu dalszych prób nuklearnych.
Wiosną 1999 oba kraje stanęły na progu wojny, gdy wspierani przez Pakistan separatyści przekroczyli linię demarkacyjną i obsadzili przygraniczny rejon Kargilu w Kaszmirze. Doszło wtedy do wymiany ognia między żołnierzami wrogich krajów. Walki, których kulminacyjnym punktem była dziesięciogodzinna bitwa o Tygrysie Wzgórze z 3 lipca 1999, trwały dwa miesiące i zakończyły się porażką Pakistanu, jednakże konfrontację zakończono na zasadach status quo ante bellum. Konflikt ten był szczególnie z obawą śledzony przez arenę międzynarodową, gdyż oba kraje dysponowały bronią nuklearną.
XXI wiek Po zamachach na indyjski parlament 13 grudnia 2001, oba kraje znów postawiły swoje armie w stan najwyższej gotowości. Indie oskarżyły swojego sąsiada o współudział w zamachach. Nad granicą w Kaszmirze doszło do koncentracji wojsk. Wówczas do mediacji przystąpiły Stany Zjednoczone, dzięki czemu doszło do złagodzenia napięcia. W maju 2003 przywrócono stosunki dyplomatyczne, a w listopadzie zeszłego roku weszło w życie zawieszenie broni w Kaszmirze.