Lata 80. i 90 XX w. W kolejnych latach odnotowano znaczny wzrost działalności organizacji propakistańskich oraz o charakterze separatystycznym. Do rebelii przystąpili głównie muzułmańscy mudżahedini. Do grup bojowników zalicza się m.in. Laszkar-i-Toiba oraz Hizbul-Mujahideen. Początkowo mudżahedini w Kaszmirze działali z inspiracji rządu w Islamabaddzie.
Wzrost intensywności rebelii sprawił, iż wojska indyjskie w lipcu 1986 rozpoczęły operację Brasstacks, koncentrując do grudnia 1986 roku w przyległym do Pakistanu, Radżastanie ponad 150 tysięcy żołnierzy. Zaniepokojony Pakistan postawił wojska w stan najwyższej gotowości i sytuacja zaczęła grozić kolejnym konfliktem zbrojnym. W lutym 1987 roku porozumiano się co do wycofania sił zbrojnych znad granicy.
Mimo to już 31 lipca 1988 rozpoczęło się największe powstanie separatystyczne w Kaszmirze. Indie oskarżyły wówczas Pakistan o dostarczanie powstańcom broni i wsparcie logistyczne. Do rozmów pokojowych przystąpiono dopiero w 1996.
W maju 1998 na pustyni Pokhran Indie przeprowadziły serię próbnych eksplozji nuklearnych. Kilka dni później podobne testy zorganizował Pakistan.