W średniowieczu o katakumbach niemal zapomniano. Początki naukowych zainteresowań katakumbami datuje się na XV w. Pierwszą rozprawą na temat rzymskich katakumb było De ritu sepeliendi mortuos apud veteros Christianos Onofria Panvinia (wyd. 1568)De ritv sepeliendi mortvos apud veteres christanos, eteorvndem coemeteriis liber.. Nasilone badania nad rzymskimi katakumbami wiążą się z dyskusją z protestantami i odnową kościoła po soborze trydenckim. Po publikacji Centurii Magdeburskich, ukazujących dzieje Kościoła jako stopniowe oddalanie się od starożytnej czystości wiary, nastąpiło ożywienie badań nad dziejami chrześcijaństwa. Z inicjatywy katolickich duchownych i humanistów, m.in. św. Filipa Neri (założyciela zakonu oratorianów zw. w Polsce filipinami) oraz wybitnego historyka Kościoła Cezarego Baroniusza podjęto badania historyczne, a także poszukiwania relikwii wczesnochrześcijańskich męczenników.