W 1578 roku przypadkowo odkryto katakumby przy Via Salaria, jednak pierwsze systematyczne badania nad podziemnymi cmentarzami podjęto dopiero kilkadziesiąt lat później. Najważniejszym nowożytnym badaczem rzymskich katakumb był Antonio Bossio (ok. 1575–1576 – 1629). Jego monumentalne dzieło, Roma sotteraneaRoma sotterranea: Opera postuma. ukazało się trzy lata po jego śmierci (1632). Zawierało ono plany katakumb, obszerne informacje o ich historii, oparte głównie na źródłach antycznych, a także liczne ryciny, będące bezcennym źródłem ikonograficznym dokumentującym stan zachowania katakumb i sarkofagów na początku XVII wieku. Ubocznym skutkiem publikacji pracy Bossia były grabieżcze eksploracje katakumb, w wyniku których wiele bezcennych fresków i rzeźb uległo bezpowrotnemu zniszczeniu. Podczas badań nad podziemnymi rzymskimi cmentarzami odkryto wiele anonimowych pochówków, uznawanych często bezkrytycznie za groby wczesnochrześcijańskich męczenników. Ich relikwie trafiły do wielu kościołów w całej Europie, m.in. do Polski.
Ponowny wzrost zainteresowania katakumbami nastąpił w 1849 roku, gdy Giovanni Battista de Rossi odkrył katakumby św. Kaliksta w Rzymie.
Nazwa katakumby odnosi się także do grobowców egipskich.