Komisja zajmowała się sądownictwem nad kaprami królewskimi oraz nad osobami, statkami i towarami zatrzymanymi pod zarzutem wspierania nieprzyjaciela, w szczególności łamiących blokadę żeglugi narewskiej. Rozpatrywała legalność zdobyczy, nakazywała sporządzanie inwentarzy, rozstrzygała spory między kapitanami i nadzorowała podział zdobyczy - dziesiąta jej część należała do Zygmunta Augusta. Od wyroków komisji można było apelować do króla. Otrzymywała od monarchy listy przypowiednie dla kapitanów, odbierała od nich przysięgi oraz przekazywała rozkazy dotyczące wypraw.
Na finansowanie działalności komisji przeznaczono część dochodów ekonomii malborskiej i innych królewszczyzn pruskich oraz wpływy z towarów leśnych. Komisarzom zezwolono na prowadzenie operacji handlowych, udzielanie pożyczek i pozyskiwanie kredytu dla króla. Dokument z 3 lipca 1569Akta podkanclerskie Franciszka Krasińskiego 1569–1573, cz. III, Warszawa 1871, s. 433–444 potwierdził jej uprawnienia i przyznał dodatkowo dochody z komór solnych w Bydgoszczy i Toruniu, koncesji na poszukiwanie minerałów, starostw Połąga, Kretynga i Gozdawa oraz królewskiego prawa kaduka w miastach pruskich. Liczne źródła dochodu nie oznaczały swobodnego dysponowania wielkim funduszem. Znaczna część wpływów była przeznaczana na obsługę pożyczek i innych długów Zygmunta Augusta.