1 czerwca 1984 roku oddano także do użytku przystanek Konin Zachód, jeden z dwóch planowanych przystanków na linii nr 3.
Od 1989 Od przełomu lat 80. i 90. zaczęto likwidować lub opuszczać wiele budynków i budowli kolejowych – rozebrano m.in. obrotnicę przy parowozowni czy halę spalinowozów dla linii nr 388. 27 maja 1995 roku po torach linii nr 388 przejechał ostatni planowy pociąg pasażerski. Ze wsparciem Wspólnoty Europejskiej w latach 1998–1999 na linii kolejowej nr 3 zastosowano samoczynną blokadę liniową oraz zmodernizowano tor nr 2. W czerwcu 2012 stowarzyszenie Akcja Konin w porozumieniu z PKP pomalowało zewnętrzną elewację dworca – wolontariusze namalowali czarne sylwetki postaci na tle żółto-brązowych ukośnych pasów. Była to nagroda za projekt odświeżenia dworca w konkursie organizowanym przez producenta farb marki Dulux. W 2013 roku Towarzystwo Przyjaciół Konina, przy wsparciu władz miasta, rozpoczęło starania o odbudowę dworca w formie wyburzonego w 1977 budynku nawiązującego do staropolskiego dworku. W maju 2013 roku zapadła decyzja o głębokiej modernizacji konińskiego dworca, jednak w listopadzie postanowiono obecny gmach wyburzyć i wznieść całkowicie nowy obiekt. Do czerwca 2014 roku miał powstać plan zagospodarowania przestrzennego i projekt bryły dworca, a prace budowlane miały rozpocząć się w 2015 roku.