Po Heraklesie jego łuk i strzały przejął Filoktet, związany obietnicą niewyjawienia miejsca śmierci Alkajosa. Karą za złamanie słowa miała być cuchnąca rana na kończynie dolnej. Wedle jednej z wersji mitu, zatruta krwią Hydry strzała wypadła synowi Pojasa z kołczanu, raniąc go w stopę. Inna wersja upatruje powodu zakażenia w ukąszeniu węża. Rana cuchnęła tak przeraźliwie, że płynący pod Troję Achajowie zostawili Filokteta na Lemnos. Przepowiednia głosiła jednak, że bez strzał Heraklesa Grekom nie uda się zdobyć Ilionu, wobec czego Odyseusz wrócił po łucznika. Od przesiąkniętych krwią Hydry strzał zginął później Parys. Po założeniu Makalli, Filoktet złożył strzały w ofierze Apollinowi.
Eurysteusz nie uznał Heraklesowi tej pracy ze względu na pomoc Jolaosa, o czym pisze Apollodoros.
Interpretacje Mit o Hydrze interpretowany bywał rozmaicie.
Niektórzy klasyczni mitografowie widzieli w potworze rzeczywiste stworzenie. Pauzaniasz doszedł do tego, że Hydra była olbrzymim jadowitym wężem wodnym. Posiadanie przez stwora wielu głów tłumaczy wymysłem wcześniejszego twórcy Pizandra, który miał chcieć w ten sposób „dodać godności swym wierszom”. Graves również widzi podobieństwo pomiędzy lernejską bestią a wężem wodnym;