Interpunkcja Jako że spójniki łączą ze sobą autonomiczne wypowiedzi, ich stosowanie jest blisko związane z interpunkcją, zwłaszcza z zastosowaniem przecinka jako znaku oddzielającego. W języku polskim zdanie podrzędne należy zawsze oddzielać przecinkiem od zdania względem niego nadrzędnego (z obu stron, jeśli to możliwe). Stąd często powtarzana w szkołach reguła nakazująca stawianie przecinka przed określonymi spójnikami, która obejmuje jednak tylko część zastosowań przecinka w tej funkcji (spójnik występuje tylko z jednej strony zdania podrzędnego) i nie jest zbyt ścisła (spójnik może wystąpić w środku zdania podrzędnego, na granicy dwóch zdań podrzędnych lub być częścią spójnika zestawionego).
Zdania podrzędne (konieczne do oddzielenia przecinkami od zdań nadrzędnych) najczęściej są wprowadzane przez spójniki takie jak: by, aby, żeby, ażeby, bo, gdyż, ponieważ, bowiem, albowiem, jak, jeśli, jeżeli, chyba że, mimo że, pomimo że.