Swym postępowaniem niejednokrotnie narażał się przełożonym wojskowym i władzom państwowym. Przykładem odwagi cywilnej był udział w pogrzebie Wojciecha Korfantego w dniu 20 sierpnia 1939 w Katowicach. Był na pogrzebie jedynym biskupem przybyłym z Warszawy. W sprawie Wojciecha Korfantego interweniował wcześniej niejednokrotnie u władz, w tym u Józefa Piłsudskiego. W Wojsku Polskim zorganizował liczne ośrodki duszpasterstwa polowego. Zaczęły dobrze funkcjonować kościoły garnizonowe i szkolne. Poświęcał dużo czasu na pracę z młodzieżą zrzeszoną w Hufcach Służby Młodzieży, utworzonych dekretem Prezydenta RP 22 czerwca 1936 roku.
Tuż przed wybuchem II wojny światowej, w sierpniu 1939 został mianowany arcybiskupem metropolitą warszawskim.
W czasie II wojny światowej Wojna zastała Gawlinę w Warszawie. Dokonał kilku mianowań dziekanów. Ewakuacja Kurii Polowej nastąpiła 4 września. W nocy z 6 na 7 września 1939 Gawlina opuścił Warszawę na polecenie naczelnych władz WP – marszałka Edwarda Śmigłego–Rydza. Biskup wycofywał się na wschód. Dotarł do Łucka, gdzie w czasie bombardowania został ranny. Dotarł do granicy polsko-rumuńskiej, którą przekroczył w dniu 18 września. Przybył do Bukaresztu, potem przez Węgry 5 października dotarł do Rzymu.