W drużynie Banfield zadebiutował 12 września 1993 roku w meczu derbowym przeciwko River Plate. Jego pierwszy zawodowy gol na najwyższym szczeblu rozgrywek w Argentynie padł 29 września 1993 roku, a więc zaledwie 17 dni po debiucie w meczu z Newell’s Old Boys (1-1). Jego bardzo dobre występy zostały zauważone przez Daniela Passarellę i w 1994 roku Zanetti otrzymał powołanie i zagrał pierwszy mecz w reprezentacji Argentyny. W tym samym roku zainteresowane Javierem były zespoły River Plate i Boca Juniors, jednak Zanetti został w Banfield, a rok później został sprowadzony do Interu Mediolan przez Massima Morattiego razem ze Sebastianem Rambertem. Był to jeden z pierwszych zawodników sprowadzonych do zespołu z Mediolanu przez Morattiego. Kwota transferu wyniosła 6,5 mln euro.
mały|190px|Javier Zanetti
Inter Mediolan Javier Zanetti zadebiutował w zespole z Mediolanu 27 sierpnia 1995 roku w meczu przeciwko zespołowi Vicenzy Calcio.