Odkąd gra w klubie zdobył w zespołem Nerazzurrich 16 tytułów: Puchar UEFA 1998, gdzie w finale zdobył piękną bramkę po strzale spoza pola karnego, Puchar Włoch 2005, 2006, 2010, 2011 Superpuchar Włoch 2005, 2006, 2008 (zdobył decydującego gola w serii rzutów karnych w meczu o Superpuchar Włoch 2008 w meczu przeciwko AS Roma) i 2010 oraz pięć tytułów mistrza Włoch za sezony 2005/2006, 2006/2007, 2007/2008, 2008/2009 oraz 2009/2010 i najważniejsze Klubowe Mistrzostwo Świata 2010. Argentyńczyk został pierwszym kapitanem włoskiego klubu, który powiódł swój klub do zwycięstwa w Pucharze Europy, Pucharze Włoch i w lidze. W ciągu swej przygody z Interem pracował z 20 szkoleniowcami. Do Zanettiego należy także klubowy rekord pod względem liczby gier w kolejnych meczach (149).
Pierwsze trafienie dla Nerazzurrich Il Trattore zaliczył w meczu z US Cremonese rozegranym 3 grudnia 1995 r. Temu samemu zespołowi trafił także swego drugiego gola 6 kwietnia 1996 r. 12 września rozegrał pierwsze spotkanie w europejskich pucharach w ramach Pucharu UEFA z AC Lugano (1:1). Przed sezonem 1998/1999 został kapitanem Interu, gdyż Giuseppe Bergomi postanowił zakończyć swą karierę. W grudniu 1998 r. strzelił swego pierwszego gola w Lidze Mistrzów w meczu ze Sturmem Graz. W związku z przyjściem do Interu Maicona w 2006 r.