Zniszczono sporo zabytków, przepadły zasoby cysterskiej biblioteki, a w klasztorze urządzono szpital, początkowo wojskowy, od 1823 psychiatryczny.
Lista opatów
Tajemnice z II wojny światowej thumb|Pietà z Lubiąża z XIV w., obecnie w Muzeum Narodowym thumb|Sala książęca thumb|Opactwo od strony północno-zachodniej; przedstawienie z XVIII wieku thumb|Refektarz klasztorny thumb|Opactwo w Lubiążu od strony Odry, 1900 r. Tuż po wybuchu II wojny światowej w klasztorze zorganizowano obóz dla przesiedleńców – folksdojczów przede wszystkim z północnej Bukowiny i Besarabii. Po ich przeniesieniu do miejsc docelowych w lubiąskim opactwie działał kolejny obóz – zorganizowano go dla Luksemburczyków, niepokornych przeciwników Hitlera, których przenoszono na tereny zajęte przez RzeszęW poszukiwaniu śladów w Lubiążu.
Według dokumentów, do których dotarł Tomasz Bonek, dziennikarz i dokumentalista historii Dolnego Śląska, mieściła się tam filia Telefunken, prowadząca tajne prace badawcze nad radiolokacją i półprzewodnikami, które po wojnie doprowadziły do skonstruowania tranzystora.