Klasztor w 1945 został zdewastowany przez żołnierzy Armii Czerwonej. Szukając skarbów zniszczyli trumny Piastów śląskich (przypuszcza się, że skradli insygnia władzy Piastów – jabłka, berła, miecze). Mumie porozrzucali po posadzce. Z tego powodu historycy i archeolodzy w późniejszych latach nie byli w stanie rozpoznać, które szczątki do kogo należą. Rozpoznano jedynie mumię Willmanna. Armia Czerwona stacjonowała w Lubiążu do 1948, później urządzono w klasztorze szpital psychiatryczny dla czerwonoarmistów. Od 1950 w pomieszczeniach klasztornych składowano książki i zbiory muzealne. Zabezpieczono wówczas pozostałości najcenniejszych malowideł, a także klasztor, pałac opatów i kościół św. Jakuba.
Lata 70. i 80. XX wieku Od lat 70. Służba Bezpieczeństwa PRL poszukiwała w Lubiążu skarbów. Na początku 1982 do Lubiąża przyjechała pierwsza grupa żołnierzy z Nadwiślańskich Jednostek Wojskowych. Na polecenie generała Czesława Kiszczaka, który został ministrem spraw wewnętrznych poszukiwali tu rzekomej wielkiej, podziemnej fabryki zbrojeniowej oraz mitycznego "złota Wrocławia" – 70 ton złota, jakie uciekający z Breslau Niemcy mieli ukryć gdzieś na Dolnym Śląsku. Esbecy do Lubiąża w latach 80. przyjeżdżali trzykrotnie. Poszukiwania te zostały opisane przez Tomasza Bonka w książce Zaginione złoto Hitlera.