Z powodu zaistniałych okoliczności (utrata Państwa Kościelnego nie została zaakceptowana jeszcze przez papieża, który uważał się za „Więźnia Watykanu”) Martín nie szczędził sił, by wesprzeć wszelkie inicjatywy papieskie, szczególnie poprzez pismo La Civiltà Cattolica. Wykonując dekret Kongregacji Generalnej przeniósł swą siedzibę na powrót z Fiesole do Rzymu (1895). Podążając za inicjatywą Leona XIII, zachęcał jezuitów francuskich do pogodzenia się z ideami republikańskimi. Jezuitów europejskich zaś zachęcał do podjęcia kwestii społecznych w duchu encykliki Rerum novarum z 1893. W Anglii, pomimo dużych trudności, otworzył na nowo jezuickie szkoły: Wimbledon i Stamford Hill, (Campion Hall). Utworzył dwa regiony misyjne: na Jamajce i w Hondurasie powierzając je jezuitom amerykańskim oraz wydelegował Wizytatora do Australii (1895). Apostoł murzynów i niewolników, Piotr Klawer został kanonizowany w 1888, a następnie ogłoszony patronem misji afrykańskich (1896). Jego szczególna uwaga była skierowana na Hiszpanię, gdzie odniósł sukces w wykorzenieniu tendencji integrystycznych pośród jezuitów, pomimo poparcia jakim cieszyli się wśród wysokich oficjałów Watykanu.