Zastosowano też nową, skuteczniejszą chłodnicę cieczy pod kadłubem, w powiększonej osłonie, którą przesunięto nieco w przód, gdyż tylną część osłony zajął wystający w dół zbiornik paliwa. Zwiększono ponadto kąt wzniosu skrzydeł z 5° do 6°, co polepszyło stateczność poprzeczną. Zmiany przetestowano na czwartym prototypie oblatanym 29 października 1940 roku. Zmodyfikowany samolot – późniejszy MiG-3 – był cięższy od pierwszego wariantu (3355 kg wobec 3099 kg), co w niewielkim stopniu odbiło się na prędkości, lecz pogorszyło się jego wnoszenie. Większe były także obciążenia na drążku sterowym, pogarszając manewrowość.
Produkcja i rozwój thumb|Pierwszy prototyp I-200 (MiG-1)
9 grudnia 1940 roku, w związku z nowym systemem nazewnictwa samolotów radzieckich od inicjałów konstruktorów, w którym myśliwcom odpowiadały numery nieparzyste, pierwsze 100 sztuk seryjnych I-200 zostało oznaczonych MiG-1. Zmodyfikowane samoloty, ze zwiększonym zapasem paliwa, produkowane od 20 grudnia 1940 roku, oznaczono zaś jako MiG-3. Nowy sposób nadawania nazw zastąpił system, według którego samoloty otrzymywały oznaczenie zgodne z przeznaczeniem (I-200 pochodzi od słowa istriebitiel – myśliwiec). Numeracja fabryczna MiG-3 zaczynała się od numeru 2101;