Zainteresowania botaniczne Gesnera wiązały się początkowo – jak u większości ówczesnych naturalistów – z zastosowaniami leczniczymi roślin. Wkrótce jednak z herbarzysty (czyli zielarza) przeistoczył się w botanika par excellence, a jego zainteresowania skierowały się na niedalekie Alpy. Podejmował wycieczki w góry, podczas których obserwował alpejską florę. W 1555 r. odbył z przyjaciółmi wycieczkę w masyw Pilatusa, górujący od zachodu nad Jeziorem Czterech Kantonów i z racji związanego z nim przesądu praktycznie nieodwiedzany. W wydanej później książce pt. Descriptio Montis Fracti opisał ponad 40 gatunków roślin alpejskich, zauważając jednocześnie zmienność zbiorowisk roślinnych wraz ze zmianą wysokości n.p.m., występowanie w górach pięter roślinnych oraz wpływ wysokości na skracanie okresu wegetacyjnego roślin.