W 1558 r. odbył wycieczki na Stockhorn i na Niesen w Berner Oberland, a w 1559 – na szczyt Calanda. Prowadził ożywioną korespondencję z szeregiem innych przyrodników, dostarczających mu obserwacji botanicznych z różnych rejonów Alp: Benedyktem Aretiusem z Berna, Johannem Fabriciusem Montanusem z Chur w Gryzonii, Fridolinem Brunnerem z Glarus i Kasprem Ambühlem z Sion. W 1561 r. opublikował nomenklatury roślin, zestawione przez Aretiusa i Montanusa, jako aneks do wydanego dzieła Valeriusa Cordusa. Działalność uczonego na polu nauk przyrodniczych inspirowała i mobilizowała do dalszych prac wielu innych autorów, z którymi Gesner utrzymywał ożywioną korespondencję, zwłaszcza Ulissesa Aldrovandiego. Stanowiła ona jeden z ważniejszych etapów w dziejach nowoczesnej nauki europejskiej. Hermann Boerhaave nazwał Gesnera geniuszem erudycji (monstrum eruditionis), a Joseph Pitton de Tournefort uznał go w ogóle za ojca nowożytnych nauk przyrodniczych.
Bibliotheca Universalis