W lutym 2005 Manuel Zelaya został wybrany kandydatem Partii Liberalnej Hondurasu w wyborach prezydenckich. W czasie kampanii wyborczej obiecywał walkę z przestępczością oraz zwiększenie liczby policjantów z 9 do 18 tysięcy. Hasłem jego kampanii był slogan: "Władza Obywateli""Q&A: Honduras votes ", BBC News, 24 listopada 2005..
Prezydent thumb|240px|Protest taksówkarzy przeciw administracji prezydenta, 2006 W wyborach prezydenckich 27 listopada 2005 Manuel Zelaya zdobył 49,9% głosów poparcia i pokonał Porfirio Lobo Sosę z Partii Narodowej Hondurasu (46,2% głosów)REPUBLIC OF HONDURAS. PRESIDENTIAL ELECTION OF 27 NOVEMBER 2005."Opposition leads in Honduran poll", BBC News, 28 listopada 2005.. Porfirio Lobo Sosa uznał zwycięstwo Zelayi dopiero po 10 dniach, zarzucając wcześniej komisji wyborczej błędy przy zliczaniu głosów"Concession brings Honduras result", BBC News, 8 grudnia 2005.. 27 stycznia 2006 Manuel Zelaya został zaprzysiężony na stanowisku prezydenta Hondurasu"New Honduran president sworn in", BBC News, 28 stycznia 2006..