Zaraz po objęciu władzy prezydent Zelaya powierzył byłemu generałowi armii rozwiązanie problemu gangów ulicznych (tzw. maras), dokonujących serii publicznych egzekucji, przestępstw i zamieszek. W pierwszych latach jego władzy głównym celem nowego rządu było obniżenie cen paliwa w Hondurasie. W 2006 w kraju doszło do licznych protestów społecznych różnych grup zawodowych (m.in. taksówkarzy, pielęgniarek i nauczycieli), domagających się poprawy warunków życia. Prezydent był również krytykowany za swoje liczne podróże zagraniczne (27 podróży w 2006). Zarzucono mu spędzanie zbyt wiele czasu poza własnym krajem i zabieranie ze sobą zbyt dużej delegacji oraz bliskich krewnych i znajomych.
Prezydent Manuel Zelaya poprzez niektóre swoje działania wzbudził liczne kontrowersje w kraju i zagranicą. Największym echem odbiło się wprowadzenie 24 maja 2007 przez prezydenta nakazu transmitowania przez wszystkie stacje telewizyjne i radiowe w kraju codziennych, dwugodzinnych materiałów rządowych. Według prezydenta miał to służyć eliminacji „niesprawiedliwych doniesień na temat jego rządu”. Nakaz wszedł w życie 28 maja 2007, a przekazy rządowe nabrały charakteru wywiadów z prezydentem lub członkami jego rządu. Zdaniem prezydenta celem transmisji miało być przedstawienie społeczeństwu szeregu projektów, jakie podejmuje jego rząd.