Ingerencje cenzury Cenzorami kościelnymi wydania byli Michał Peter (Stary Testament) i Marian Wolniewicz (Nowy Testament), którzy jednocześnie należeli do zespołu tłumaczy Biblii Tysiąclecia. W przypadku ST było kilkadziesiąt niewielkich, redakcyjnych poprawek. Dla NT zgłoszono 3 większe poprawki, m.in. co do konsekwentnego stosowania słowa „Mesjasz”, a nie „Chrystus”. Ostatecznie wydanie otrzymało dość łatwo imprimatur mimo pewnych obaw redaktorów – Biblię Wujka kilkaset lat wcześniej dotknęło wiele zmian.
Cenzura państwowa (Główny Urząd Kontroli Prasy, Publikacji i Widowisk) zgłosiła jedno, ale dość istotne zastrzeżenie: zażądano zamiany słowa bezbożny na niezbożny. Ks. Rajmund Pietkiewicz przypuszcza, że urzędnikom cenzury słowo bezbożny kojarzyło się z ateistą. Ostatecznie słowo zamieniono w wielu miejscach (przede wszystkim w Psalmach), ale w wielu też pozostawiono. Ingerencji cenzury przy kolejnych wydaniach nie było.
Przyjęcie I wydania Cały nakład pierwszego wydania Biblii Tysiąclecia (50 tysięcy) rozszedł się natychmiast. Nieliczne egzemplarze, które trafiły do księgarni zostały sprzedane spod lady lub na zasadzie wcześniejszych zapisów. Większość rozprzedano bezpośrednio z wydawnictwa. Masowo zamawiały je seminaria duchowne, zgromadzenia duchowne, księża i świeccy.