W 1945 Rosyjski Kościół Prawosławny zdecydował o utworzeniu nowej eparchii z siedzibą we Lwowie. Na jej ordynariusza typowano początkowo biskupa donieckiego i woroszyłowgradzkiego Nikona, ostatecznie jednak uznano, że odpowiedniejszym kandydatem będzie duchowny znający język ukraiński, związany z Ukrainą zachodnią, a także wykształcony tak dobrze, jak kapłani greckokatoliccy. Te czynniki przesądziły o nominowaniu na biskupa lwowskiego i tarnopolskiego właśnie archimandryty Makarego. 22 kwietnia 1945 miała miejsce jego chirotonia biskupia. Uroczystość ta odbyła się w soborze Objawienia Pańskiego w Moskwie z udziałem patriarchy moskiewskiego i całej Rusi Aleksego oraz metropolitów kijowskiego Jana i kiszyniowskiego Hieronima. Dnia 21 kwietnia 1946 został podniesiony do godności arcybiskupiej. Od 1948 do 17 marca 1950 był równocześnie biskupem mukaczewskim i użhorodzkim. Na terenie podległych mu eparchii prowadził działalność wydawniczą, działał również na rzecz odbudowywania świątyń uszkodzonych w czasie działań wojennych, w tym ławry Poczajowskiej.
Wziął udział w przeprowadzonej przez władze ZSRR likwidacji Ukraińskiej Cerkwi Greckokatolickiej.