Zwolniony z pracy z powodu posiadania wykształcenia teologicznego i otwartej krytyki wojującego ateizmu, znalazł zatrudnienie w Obwodowym Oddziale Rolnym, a następnie Ludowym Komisariacie Rolnictwa USRR. Chociaż nie był członkiem partii komunistycznej, kolejno obejmował w nich stanowiska sekretarza, kierownika kadr, a wreszcie naczelnika wydziału administracyjnego Ukraińskiego Trustu Remontowego Ludowego Komisariatu Rolnictwa USRR.
W 1941 umożliwiono mu powrót do pracy naukowej.
Duchowny Działalność w Rosyjskim Kościele Prawosławnym W maju 1942 w wypadku ulicznym zginęła jego żona Natalia zd. Jedlińska, z którą miał syna Gleba i córkę Tatianę. W lipcu tego samego roku przyjął święcenia kapłańskie. Służył kolejno w parafiach Opieki Matki Bożej i św. Dymitra w Kijowie. W 1943 otrzymał godność protojereja. Dnia 20 kwietnia 1945 złożył wieczyste śluby zakonne, przyjmując imię zakonne Makary, i natychmiast otrzymał godność archimandryty.