Po 1540 roku dochody do budżetu zaczęły spadać. Było to spowodowane wysokimi kosztami utrzymania posiadłości w Maroku oraz marnotrawstwem środków. Brak inwestycji produkcyjnych oraz nieadekwatna podbudowa handlowa sprawiały, że czerpanie pełnych zysków z handlu było niemożliwe. W 1549 roku zbankrutowało portugalskie centrum handlowe w Antwerpii, które było odpowiedzialne za reeksport pieprzu, czy towarów z Azji, a w 1560 roku izba rozliczeniowa dla handlu azjatyckiego była niezdolna do wykonywania płatności. Do lat 30. XVI wieku zaciąganie pożyczek stawało się dla korony coraz trudniejsze, a w latach 50. XVI wieku korona portugalska zaczęła polegać na zagranicznych pożyczkach.
Budżet Portugalii ratował się papierami wartościowymi, utworzonymi za panowania Manuela I. W latach 1500–1530 budżet się podwoił, a do połowy lat 50. odnotowano wzrost o kolejne 50 procent. Mimo gwałtownego wzrostu wydatków, do lat 50. odnotowywano nadwyżki w budżecie, co pozwoliło zwiększyć aktywność fiskalną.