Religia w Portugalii W 1532 roku Jan utworzył , która składała się z pięciu adwokatów kościelnych. Na ich obowiązki składało się doradzanie królowi w sprawach prawomocności podbojów zamorskich, nominowanie na stanowiska kościelne, administracja nad misjami katolickimi, czy nadzór nad zakonami rycerskimi. mały|Auto-da-fé Pierwsze próby ustanowienia inkwizycji w Portugalii zostały podjęte w 1531 roku, jednak przez sprzeciw nowych chrześcijan tymczasowo zaniechano tego pomysłu. Powrócono do niego w 1536 roku, dzięki drugiej papieskiej bulli, która ponownie ustanawiała inkwizycję, jednak miała ona ograniczone kompetencje. Portugalska inkwizycja była głównie skierowana przeciwko tzw. nowym chrześcijanom, czyli żydom skonwertowanym na katolicyzm. Pierwszym generalnym inkwizytorem Portugalii został biskup Ceuty, Diogo da Silva. W 1539 został zastąpiony przez – arcybiskupa Évory i Bragi oraz brata króla – Henryka. W 1540 r. rozpoczęto publiczne czytania wyroków (port. Auto-da-fé), w których brała udział rodzina królewska. W 1544 roku papież zawiesił działanie inkwizycji z powodów nadużyć, jednak ich działalność została wznowiona w 1547.