Portugalska inkwizycja była brutalna w działaniu, w latach 1543–1684 spalono 1379 ludzi, co stanowiło więcej od hiszpańskiej inkwizycji w tym samym okresie.
Przyczyny powstania portugalskiej inkwizycji są niejasne. Amerykański historyk Stanley G. Payne wymienia 4 czynniki, które mogły do tego doprowadzić:
atmosfera religijnego przymusu, wywołana wojnami reformacji protestanckiej oraz nasilonymi starciami z Muzułmanami z odradzającego się Maroka, duży odsetek tzw. nowych chrześcijan (port. cristãos-novos) w Portugalii, w tym niektórzy praktykowali judaizm w ukryciu, nowi chrześcijanie stanowili trzon klasy średniej, byli finansistami, przedsiębiorcami, czy rzemieślnikami. Stanowili oni konkurencję dla ówczesnej elity, czyli arystokracji ziemskiej, portugalska inkwizycja miała zwiększyć kontrolę nad kościołem w Portugalii, więc chciano jej użyć jako narzędzie do kontroli majątków kościelnych. Dzięki działaniom inkwizycji rozwój klasy średniej został mocno opóźniony, a zasoby gospodarcze zostały uszczuplone.