Własności trujące We wszystkich częściach świeżej rośliny występują glikozydy cyjanogenne: sambunigryna i sambucyna, które dla ludzi w większych ilościach są trujące. Owoce zawierają je w stanie niedojrzałym. Wysoka temperatura (gotowanie i smażenie bez przykrycia) usuwa ich własności trujące. Najczęściej dochodzi do zatrucia w wyniku spożycia niedojrzałych i nieprzetworzonych owoców. Objawami zatrucia są: osłabienie, bóle i zawroty głowy, nudności, wymioty, biegunka, przyspieszenie tętna i zaburzenia oddychania aż do duszności włącznie. Pierwsza pomoc polega na wywołaniu wymiotów i płukaniu żołądka. Konieczna pomoc lekarza.
W pyłku, kwiatach i owocach stwierdzono obecność białka o masie 33,2 kDa, wywołującego reakcje alergiczne takie jak nieżyt nosa, zapalenie spojówek i duszności.
Podczas spalania bzu czarnego, zwłaszcza jego liści, kory i młodych pędów zawierających glikozyd cyjanogenny sambunigrin, wytwarzane są substancje mogące stanowić zagrożenie dla zdrowia człowieka.
Genetyka Liczba chromosomów 2n = 36.