Scena jest też daleka od prawdy historycznej, gdyż u Żydów w czasach Jezusa rozpowszechniły się wzorce greckie i rzymskie związane z ucztowaniem w pozycji półleżącej.
Nad malowidłem znalazło się pięć lunetek, które odkryto w 1854 roku. Do czasów współczesnych zachowały się trzy, dwie znajdujące się po stronie wschodniej zostały zniszczone w wyniku bombardowania w 1943 roku. Na zachowanych lunetkach znajdują się epigrafy z dedykacjami i botaniczne elementy girland. Środkowa jest na cześć Ludwika Sforzy i jego żony Beatrice d’Este. Ta po lewej stronie jest dedykowana pierworodnemu synowi Massimilianowi, księciu Pawii, a następnie Mediolanu. Lunetka po prawej jest dedykowana drugiemu synowi Ludwika i Beatrice, księciu Bari Francesco.
Ostatnia Wieczerza na przestrzeni lat Ze względu na źle dobraną technikę dzieło szybko zaczęło niszczeć. W 1517 roku Antonio de Beatis, sekretarz kardynała Luigiego d’Aragona, zanotował w pamiętniku, że obraz zaczyna się psuć. W 1550 roku Vasari przyznał, że na obrazie nie było widać nic prócz bezliku plam.