Wspomniał również o kopii dzieła przygotowanej przez Girolama da Capri.
W 1652 w ścianie, na której znajduje się malowidło, wykuto prowadzący do klasztornej kuchni otwór drzwiowy, który pozbawił je centralnego fragmentu obejmującego część stołu oraz stopy Chrystusa – przejście wkrótce zamurowano, lecz fragment dzieła został bezpowrotnie zniszczonyKarolina Stężalska: „Ostatnia wieczerza” Leonarda da Vinci.. W latach 1726–1954 przeprowadzono dziewięć akcji renowacyjnych dzieła.
Kenneth Clark w 1939 roku określił malowidło mianem tragicznej ruiny. W połowie sierpnia 1943 roku brytyjskie i amerykańskie lotnictwo zbombardowało refektarz, w którym znajduje się malowidło. Sam obraz (wcześniej zabezpieczony workami z piaskiem i wzmocnionym rusztowaniem) przetrwał nalot, bomby zniszczyły jednak dwie lunetki znajdujące się po stronie wschodniej. W latach 1951–1954 oraz 1977–1999 przeprowadzono renowacje obrazu.
W 1981 roku Martin Kemp wykonał analizę przestrzeni perspektywicznej obrazu. Jego zdaniem Leonardo da Vinci wykorzystał perspektywę kasetonowego sufitu w celu wywołania głębi „sali na górze”.