Biskup starokatolicki mały|150px|Antonina Wiłucka, żona arcybiskupa i pierwsza biskupka mariawicka W 1905 r. ksiądz Jan Maria Michał Kowalski objął stanowisko proboszcza parafii w Starej Sobótce. Został tam skierowany przez władze kościelne w celu uniemożliwienia mu kontaktu z innymi księżmi należącymi do Zgromadzenia Kapłanów Mariawitów. W 1906 r., po zasuspendowaniu (27 stycznia) i wypowiedzeniu posłuszeństwa biskupowi (6 lutego) rozpoczął organizowanie niezależnej parafii mariawickiej w Nowej Sobótce. Nie pozostał jednak długo na tej placówce i jeszcze w lutym wyjechał do Płocka, aby zająć się sprawami dalszego losu Związku Mariawitów.
Po ogłoszeniu papieskiej encykliki potępiającej mariawityzm podjął kroki zmierzające do zarejestrowania mariawickich gmin kościelnych jako wyznania tolerowanego w Cesarstwie Rosyjskim oraz zorganizowania mariawickiej hierarchii duchownej. 10 października 1907 r. na I Kapitule Generalnej Kapłanów Mariawitów został wybrany powtórnie ministrem generalnym Związku MariawitówBorys Przedpełski, Mirosław Michalski: Życie i dokonania arcybiskupa Jana Marii Michała Kowalskiego (1871–1942), Rocznik Teologiczny LXVI, z. 3/2024, DOI: 10.36124/rt.2024/17, Chrześcijańska Akademia Teologiczna w Warszawie, Warszawa 2024, s. 452–453.. W 1909 r.