Dalszą naukę kontynuował w gimnazjum chojnickim w latach 1904–1907. W tym czasie, od 1905 r. należał do tajnego koła filomatów Towarzystwa Tomasza Zana, a w latach 1906/7 był jego prezesemT. Bolduan, Nowy bedeker kaszubski, Gdańsk 2002, s. 179.. Podczas nauki w gimnazjum nie zaniedbywał również wcześniejszego zainteresowania kaszubszczyzną. Czytał m.in. tomik wierszy A. Majkowskiego „Spiewe i frantówci” (Poznań 1905 r.). Uczestniczył w wycieczce gimnazjalistów polskich do Krakowa w 1906 r.J. Karnowski, op. cit., s. 19-20 Edukację gimnazjalną w Chojnicach ukończył zdobyciem świadectwa maturalnego 9 marca 1907 r.C. Obracht-Prondzyński, op. cit., s. 51; D. Majkowska, J. Podgóreczny, op. cit., s. 82.
W tym samym roku rozpoczął studia teologiczne w Seminarium Duchownym w Pelplinie. Z grona profesorów seminaryjnych szczególnie cenił sobie dwóch, filozofa ks. Franciszka Sawickiego i historyka ks. Brunona CzaplęIbidem, s. 55. Karnowski od początku studiów działał na rzecz samokształcenia, wygłaszając wiele referatów podczas spotkań kleryków – PolakówIbidem, s. 58. Kontynuował samodzielnie studia nad kaszubszczyzną, przeglądając regularnie „Roczniki Towarzystwa Naukowego w Toruniu” w tym prace prof. Józefa Łęgowskiego oraz prof. Kazimierza NitschaIbidem, s. 60;