W 1775 roku obszary północnej Mołdawii (Bukowina) zostały przyłączone do imperium Habsburgów, w którego granicach pozostawały (początkowo jako część Galicji, a od 1849 roku jako Księstwo Bukowiny) do 1918 roku. Z kolei w 1812 roku Rosja zagarnęła wschodnią część Mołdawii – Besarabię i Budziak; podział ten okazał się trwały (z wyjątkiem krótkiego epizodu w okresie międzywojennym i podczas II wojny światowej, oraz przyłączenia Budziaku do hospodarstwa mołdawskiego w latach 1856–1878) i spowodował stopniowo narastające zróżnicowanie dwóch części Mołdawii. Podczas gdy ziemie Besarabii pozostawały w granicach Rosji, pozostałej części historycznej Mołdawii, wciąż stanowiącej hospodarstwo, udało się (dzięki słabnięciu imperium osmańskiego i rywalizacji mocarstw) uzyskać autonomię (której zakres stopniowo się zwiększał od czasu zakończenia wojny krymskiej). W latach 1859–1866 za panowania Aleksandra Jana Cuzy doszło do zjednoczenia hospodarstwa Mołdawii z hospodarstwem Wołoszczyzny i powstania Rumunii.