Zmiany te po części podyktowane były narzekaniami graczy odnośnie do pierwszej części, według których było w niej mało walki.
Ze względu na zwiększenie liczby starć z przeciwnikami gra kładzie większy nacisk na akcję, Smith zauważył jednak, że eksploracja, będąca kluczowa w części pierwszej, pozostała ważnym aspektem gry. W odróżnieniu od poprzedniczki w Tomb Raider II znalazło się więcej walk z minibossami, poprawiono także sztuczną inteligencję przeciwników, żeby mogli oni ścigać Larę po platformach. Gra powstała na silniku pierwowzoru, który usprawniono i dodano do niego nowe funkcje, takie jak chociażby brodzenie w płytkiej wodzie. Twórcy przyznali, że wprowadzenie wszystkich usprawnień – tak graficznych, jak i w rozgrywce – było wymagającym zadaniem, ponieważ chciano, żeby grę postrzegano jako samodzielną produkcję, a nie kontynuację. W Tomb Raider II pojawia się także możliwość korzystania z granatów, nad którą pracowano już podczas części pierwszej, ale nie zdążono jej zaimplementować przed premierą.